1966年8月18日，首都北京发生了一件影响全国、震动世界的大事：毛泽东在天安门接见北京大中学校的几万名“红卫兵”，并与首都百万群众共庆“文化大革命”。
毛泽东在天安门接见红卫兵，是他不久前写给清华附中红卫兵的支持信之后，进一步明确表示他对红卫兵的支持。8月18日这一天，成为全国“红卫兵运动”的发端。
北京“八·一八”大会以后，全国各地纷纷响应，成千上万的红卫兵组织几乎一夜之间就遍布了城镇乡村。这些以“红五类”出身为主体的青少年们，抱着“保卫毛主席、保卫中国共产党、保卫红色政权”的神圣使命和真诚愿望，不再停留在学校里搞运动，而是冲出校园，走上街头，把“文化大革命”的烈火引入社会，推向全国。
从8月下旬起，北京、上海、天津以及全国大大小小的城市街巷里，都出现了一队队“破旧立新”的红卫兵。他们先从人们的衣着穿戴和“陈规陋习”实行“革命”，继而开始扫荡所谓“封、资、修”的各种名称字号：在北京，红卫兵倡议把东西长安街改名“东方红大道”，并砸烂“全聚德”招牌，捣毁“荣宝斋”“黑店”；在上海，红卫兵冲上南京路，拉倒“大世界”；在天津，红卫兵“革新”滨江道，更名“劝业场”……。由于舆论宣传的鼓动，短短几天内，“破四旧”的风潮便席卷中国大地。
然而，无政府主义的恶果却与红卫兵“破四旧”的行动相伴而来：多处名胜古迹被捣毁破坏，祖国千百年的文化遗产被洗劫废弃；肆意冲、抄民主党派和宗教界人士住宅，没收、毁坏私人财物的情况比比皆是；对著名作家和艺术家，乃至基层领导干部、普通教师实行人格侮辱、打骂、关押的行为更随处可见。更严重的是，一些红卫兵还把“破四旧”的目标对准宋庆龄、郭沫若等国内外享有名望的党和国家领导人，老舍、傅雷等一批高级知识分子因不堪受辱而选择了绝路，许多“黑五类”人员或被打致死，或强迫遣送回乡。……
周恩来极为关注北京和各地“红卫兵运动”的进展情况。对红卫兵“破旧立新”的一些举动和倡议，他并没有表现出由衷的热情。一次，当他得知北京市海淀区的中关村被改名“革命村”时，不以为然地说：“还是先叫中关村好，不然会有很多人搞不清楚地方，我就不知道‘革命村’是哪里嘛！”而对于举世闻名的国家重点文物古迹，他则尽力去设法保护。就在“八·一八”接见大会后的当晚，他在主持的一次会议上宣布了“立即关闭故宫”的决定，并部署北京卫戍部队前往守护，使得这座数百年历史的皇家宫殿在“红卫兵运动”中得以保存。杭州灵隐寺也是依靠同样的方式得以保存。后来，周恩来告诉红卫兵：“破四旧”是个长期任务，中国的封建统治时间那么长，封建传统那么浓厚，习惯势力那么大，要一下子解决问题是不行的。
名目繁多的改名、命名活动直到国庆节前还不断出现。9月下旬，周恩来接到北京市委办公厅报告：北京34所中学红卫兵和外地学生组织起一个“东方红筹委会”，拟将北京市改为“东方红”，9月27日召开命名大会；同时把天安门前的华表和石狮子搬走，另树立毛泽东铜像和英雄人物塑像等。周恩来26日在报告上批示：“请以电话告市委办公厅和周（荣鑫）秘书长，通过联络总站，告以这是国家大事，国际观瞻所系，他们可以关心，可以倡议，但不能由他们决定、命名。否则命名无效，岂不损失信誉？”
红卫兵运动时期，几乎天天都在发生让周恩来意想不到的事情，尤其是“破四旧”当中出现的那些影响面大，涉及党和国家政策、法律、制度方面的问题。为此，周恩来认为有必要就这些问题当面向红卫兵加以劝说和引导。
鉴于红卫兵活动大都具有自发性、随意性的特点，周恩来首先考虑应把各种红卫兵组织起来，以便创造给他们做工作的机会和条件。
8月24日，根据周恩来的提议，北京新市委决定成立“首都红卫兵联络总站”，地点设在北京市劳动人民文化宫内，由市委书记雍文涛主持总站工作；党中央、国务院在联络总站设有办公室，周恩来委派国务院秘书长周荣鑫总负责，以了解、沟通情况，及时发现各种问题。
26日，周恩来前往出席“北京市大、中学校红卫兵联络总站”成立大会，他对来自500多所大、中学校的1000多名红卫兵代表发表讲话说：毛主席和党中央关心你们，党和国家有责任帮助你们，应该为你们创造条件，让你们组织起来，有事好和你们商量。比如给马路改名字，这很容易，但要调查，要商量个好办法。还有些事牵扯国家制度，比如取消定息问题，就要经过人民代表大会审批。通过联络站，就可以把你们的意见收集起来，哪些是马上办的，哪些是以后办的，商量好了再送党中央、毛主席批准。总之，成立这个联络总站，一是要支持、帮助你们，二是要爱护、保护你们，三是有事情好找你们商量。
两天之后，周恩来通过联络渠道得知，北京一所中学的红卫兵倡议，把苏联大使馆前的扬威路改名“反修路”，并于29日召开20万人命名大会，会后还将举行大规模庆祝游行。为避免发生涉外纠纷，周恩来在28日夜里召集紧急会议，他耐心地向红卫兵说明：我们进行反修斗争，是靠文斗不是武斗。如果按你们的精神，把反修的大字报贴到大使馆去，就要闯进大使馆，就有可能把文斗变成武斗。我们今天和苏联还有国家的关系、外交的关系，我们应该遵守这个关系，就如同他们在莫斯科尊重我们的大使馆一样。因此，你们可以在他们的门口搞示威，但要有个界限，不能闯入大使馆里去。经过反复做工作，大会组织者终于表示同意按周恩来提出的意见办。从29日起，群众游行持续了两天，共达40万人次，没有发生任何破坏性事情。
在与红卫兵的沟通过程中，周恩来不仅向红卫兵讲述中国近代史、中共党史，有时还要给红卫兵介绍一些自然科学、社会科学的常识，以劝说他们收回或改变违反科学认识和正常行为规范的主张和“倡议”。例如，为了向坚持要把交通信号改作“绿灯停、红灯行”的红卫兵解释清楚此举行不通的道理，周恩来先从司机等专业人员那里了解情况，然后再作说服工作。他由光线的透射力谈起，进而说到国际间的通行惯例，等于给学生们补上了一堂光学物理课。再如，为了纠正某些学生组织提出的“消灭伊斯兰教”这种极端错误的口号，周恩来在调查掌握了大量资料的基础上，以全中国有几千万、全世界有几亿伊斯兰教徒的基本事实为出发点，耐心向红卫兵讲述宗教的起源、发展及其社会影响等等，说明现行党的民族宗教政策的必要性、长期性。一次，周恩来打电话紧急处理发生在北部边境城市海拉尔的一起涉外事件时，甚至不得不亲自向冲到国际列车上“革命”的红卫兵解释“为什么中国人给外国人开车”的理由。……
就这样，身为泱泱大国的总理，周恩来几乎每天都要和来自四面八方的红卫兵打交道、做工作。正如他自己所讲，从这时起，他的基本工作已放在了红卫兵方面。
由此可以看出，周恩来对祖国后代始终抱着发自内心地关心、爱护和极端负责的态度。他利用和红卫兵谈话的机会，多次向他们介绍自己的家庭、个人经历、工作经验教训等情况，以切身体会来启示告诫青少年们：革命的道路并非一帆风顺，年轻人犯错误是难免的，粉饰和掩盖错误是不对的，要勇于正视它、改正它。他在各种场合讲得最多的一句话就是：“我要做到老，学到老，改造到老。”
然而，周恩来的苦口婆心却收效甚微。“破四旧”浪潮非但没有受到遏制，却愈演愈烈。这一时期，最使周恩来感到不安的，还是“破四旧”中发生的对各民主党派负责人、无党派人士和各类知名人士进行的侮辱、打骂、抄家等行为。他多次向红卫兵强调要学好用好《十六条》，其用意之一就是希望他们有所遵循，有所节制，严格遵守“要文斗，不要武斗”这起码的一条规定。但是，涉世不深、缺乏政策法律观念的青少年们已为狂热的“革命”激情所支配，“造反有理”、“无法无天”几乎成了他们高于一切的信条和准则。
8月29日夜，北京大学经济系的一群红卫兵闯入了全国人大常委和政协常委章士钊的住宅，肆意进行查抄。事后，章士钊立即致信毛泽东，反映红卫兵的无理行径，要求在“可能范围内稍稍转圜一下，当有解铃之望”。次日，毛泽东在来信上批：“送总理酌处，应当予以保护。”
周恩来接到批件，马上采取措施，对章宅实行保护，并将章本人秘密转移到301医院。与此同时，周恩来又亲自写下一份应予保护的干部《名单》，其中包括宋庆龄、郭沫若、章士钊、程潜、何香凝、傅作义、张治中、邵力子、蒋光鼐、蔡廷锴、沙千里、张奚若、李宗仁等十几位高级民主人士，以及人大常委会、国务院及所属各部委、全国政协、各民主党派中央、最高人民检察院、最高人民法院的负责人。这份《名单》虽然只有几十个字，却包含了几百名保护对象。可以说，周恩来几乎对《名单》上的每个人都费了一番心思，以寻求最稳妥的保护方法。
《名单》中的第一人是中华人民共和国副主席、民革中央主席宋庆龄。她不仅是国内外享有名望的民主人士，还是几十年来同中国共产党患难与共的挚友。建国后，宋庆龄大部分时间居住在上海。“文化大革命”一开始，周恩来感到宋长住上海不安全，便劝说她来京定居，并指示中央警卫局负责人杨德中主管宋宅的各项工作，由公安部、北京市公安局和当地派出所三方面协同警卫。“破四旧”当中，果然如周恩来所料，宋庆龄在上海的寓所受到冲击，就连万安公墓内她父母的墓地也遭到红卫兵的破坏。此外，在南京，有人提出要推倒孙中山的铜像；在北京街头，则出现了攻击宋庆龄的大字报，还有人扬言要冲入宋庆龄在北京后海的住地。为了阻止事态的继续发展，周恩来亲自出面教育对于历史知之甚少的红卫兵：
“宋庆龄是孙中山的夫人。孙中山的功绩，毛主席在北京解放后写的一篇重要文章《论人民民主专政》中就肯定了的。他的功绩也记在人民英雄纪念碑上。南京的同学一定要毁掉孙中山的铜像，我们决不赞成。每年‘五一’、‘十一’在天安门对面放孙中山的像是毛主席决定的。孙中山是资产阶级革命家，他有功绩，也有缺点。他的夫人自与我们合作以后，从来没有向蒋介石低过头。大革命失败后她到了国外，营救过我党地下工作的同志，抗日战争时期与我们合作，解放战争时期也同情我们，她和共产党的长期合作是始终如一的。我们应当尊重她。……到她家里贴大字报不合适。她兄弟三人姐妹三人就出了她一个革命的，不能因为她妹妹是蒋介石的妻子就要打倒她。”
在周恩来的全力保护下，宋庆龄及其住宅免遭噩运，她父母在上海的墓地也得以修复。11月12日，周恩来冲破江青等人的阻挠，亲自在北京主持大会，隆重纪念孙中山一百周年诞辰。同时，他还批准人民出版社重印出版宋庆龄题签书名的《孙中山选集》和新编辑的并由他本人题写书名的《宋庆龄选集》。
在那是非颠倒、黑白混淆的年代里，周恩来殚精竭虑，努力保护他所能保护的党内外干部。他以巧妙的斗争艺术保护许多人过关，使他们在惊心动魄的风浪里得到安全。这一时期，受到周恩来保护的还有班禅额尔德尼·确吉坚赞、阿沛·阿旺晋美等民族宗教界人士和一些著名学者、艺术家、知名人士及其家属。他在当时险恶的环境下做了自己能够做到的一切。