明泰昌年（1620年）间，朝廷征石柱兵东援辽东，秦良玉派兄弟邦屏民屏率五千兵先往，自己携子领精兵三千继之。第二年初，秦邦屏率师渡浑河时遭遇一场激烈战斗。秦邦屏战死，秦民屏受伤突围而出。秦良玉与儿子祥麟兼程赴援，到榆关时，马祥麟目中流矢，犹拔矢策马，奋勇而战不肯退。此役结束后，皇上诏加秦良玉二品章服，并予夫人诰命，赐额曰“忠义可嘉。”其子马祥麟被授指挥使，赠邦屏都督佥事锡世荫，与陈策等合祠，民屏进司佥事。
接着，秦良玉奉命回川练兵赴援。到石柱的第二天，忽有一说客樊定邦带着金银登门求见。秦良玉召见问道：“尔来有何贵干？”
“秦夫人，久闻你大名如雷贯耳！我是重庆义军樊龙之弟樊定邦，今受我大哥之托，特来拜见夫人。”
“你大哥有何见教？”
“我哥期望与石柱土司结盟，共同反抗官府。”
秦良玉眉毛动了一下，没有吱声。
樊定邦接着道：“现在川内局面大乱，各地军民蜂起，奢崇明、奢寅已陷内江、新都诸县，正进围成都。樊龙、张彤已据重庆。已杀巡抚徐可求等文武官员五十多人。官府在川的势力已经奔溃。夫人若肯与我部结盟起义，将来夺得天下，当可共享荣贵。”
“住口！”秦良玉猛然怒骂道，“贼奴敢以逆言污耳，我兵将发，即以奴首祭大纛。”说罢，只一挥手，众刀釜手立刻将樊定邦牵出司门，在操场上飘扬着“秦”字的帅旗下，立马斩了樊定邦。秦良玉又吩咐将其送来的礼金犒赏三军，众兵勇闻听欢声雷动。
秦良玉随即宣布起兵讨贼，首先派秦邦屏之子秦翼明、都司胡明臣领兵四千，衔枚疾趋，潜渡渝江，驻南坪关，扼敌归路。派秦邦屏子秦拱明，领兵四百袭两河，焚敌船，阻其东下。裨将秦永成领千兵，分张旗帜山谷间，守护忠、万、丰、涪，驰檄夔州，急防瞿塘上下。再命其子马祥麟和亲弟秦民屏，率兵六千，沿江而上，水陆并进，占安定、乐至等县。秦良玉自己统兵数千，由川北路鼓行而西，复新都县，长驱抵成都，内外夹攻，破奢崇明吕公车。解了成都之围，再还军救重庆。秦民屏率部生擒敌将樊虎，杀黑蓬头，夺二朗关，又夺佛图关。南坪关等处亦为秦翼明军所扼。秦拱明杀敌将沈霖于两河，烧其船千余只，夺船八百只。秦良玉兵抵重庆城下，敌将张彤迎战，马祥麟驱马挥刀，只两个回合，便将张彤斩于马下。当夜，马祥麟挥兵攻破通远门，樊龙遁走，被诸将杀死，重庆城宣告收复。其时，秦永成同胡平志又击敌将冉应龙于忠州，整个川东乃告平定。捷报传至朝廷，皇上乃晋封秦良玉为一品夫人，授都督佥事、充总兵官，擢升马祥麟为宣慰使，秦民屏进副总兵，翼民、拱民进参将。其余将领均各赏赉有差。
平定川东后，秦良玉继续领兵进剿。她派裨将秦衍祚从侯良柱败敌于九节滩，收复了遵义城。派马祥麟随巡抚朱燮元攻破江潦四十八寨，攻克永宁、蔺州二城，生擒敌官四十三名。又亲率翼明、拱明、先后攻破红崖坡、观音寺、青山敦诸寨，擒敌将李楫、杀阿么、二郎牌等。此时奢崇明等连结水西安邦彦同反，引苗众围贵阳。秦良玉又派秦民屏及其子佐明、祚明，随黔巡抚王三善救贵阳，大破邦彦于平越，直捣大方。在大方之战中，王三善不幸为降将陈其愚所害，秦民屏亦被杀死。秦佐明、秦祚民重伤脱逃。朝廷诏赠秦民屏都督同知，立祠赐祭。其子佐明、祚明授参将，翼明、拱明皆进官至副总兵。
明崇祯三年（1631年），永平四城失守，畿辅震动，诏天下勤王。其时中原荒旱，变乱四起，各镇首领自保不暇，逗留不前。秦良玉独慷慨誓众，裹粮率师，昼夜兼行抵都，驻兵宣武门外。其是崇祯帝得知她带兵抵京，乃传令亲自召见。秦良玉来到平台，崇祯帝对她道“秦夫人，朕久闻你忠勇之名，今特赐蟒玉一件给你。”说罢，命人取出一条尺余长的玉石递了过去。秦良玉接玉在手，忙叩头致谢道：“谢主龙恩！臣来京城，愿为皇上效命杀敌，请尽吩咐。”崇祯帝道：“尔为巾帼一杰，朕已写诗四章，同赐你保存。”侍臣将崇祯帝所作御诗展开，秦良玉逐章细读，只见其一曰：学就西川八阵图，鸳鸯袖里握兵符，由来巾帼甘心受，何必将军是丈夫。其二曰：蜀锦征袍自剪成，桃花马上请长缨，世间多少奇男子，谁肯沙场万里行。其三曰：露宿风餐誓不辞，饮将鲜血代胭脂，凯歌马上清平曲，不是昭君出塞时。其四曰：冯将箕帚扫沟奴，一派欢声动地呼，试看他年麟阁上，丹青先画美人图。
“好，这诗我收下了。”秦良玉欢天喜地叩头谢恩。
崇祯帝又道：“朕再赐你为太子太保、忠贞侯。”
秦良玉又叩头致谢，表示愿为皇朝战死疆场，然后才告辞回营。
在京驻防了数日，忽闻蜀地百丈关又来报警，皇上乃命秦良玉还镇专防川东。秦良玉留下儿子马祥麟同媳张氏驻京畿防守，自己率军回到四川。崇祯七年，张献忠攻陷夔州，兵围太平。秦良玉提兵急救。马祥麟此时自北回军，双方前后夹击，张献忠率部败走。
崇祯十三年（1624年）四月，罗汝才等复陷夔州，秦良玉率部征剿。其先锋谭稳已袭击马家寨，斩敌首七百三十级。都司秦篆设伏留马桠，斩其魁首东山虎，生擒敌三十三名。裨将秦永祚，在水口袭击，歼击敌五百余人。秦翼明同别将张全追敌至谭家坪，斩首一千一百一十八级。秦良玉又亲率马祥麟部，在仙寺岭夺获罗汝才大旗。是役总计斩敌首八千余级，缴获甲仗马骡无数。敌方丧胆，乃不敢再西犯。但罗汝才败后与张献忠合股，于是年七月再占川中。其势锐不可挡。朝廷这时派杨嗣昌来川督师。杨嗣昌将守川精锐兵力撤往湖南，放弃了川中许多关隘。四川巡抚邵捷春只带弱卒一万驻守重庆。秦良玉率部增援。两军在重庆附近驻扎，互为犄角。此时有绵州牧陆逊之被罢官到谕。邵捷春让他到石柱军中巡视。陆逊之看罢石柱兵营后，击节赞叹道：“不图今日见细柳营娘子军，名不虚传也。”秦良玉摆下酒席，款待陆逊之时说：“邵公不知兵，吾一妇人受国恩，谊应死，独恨与邵公同死耳。”陆逊之道：“何出此言？”秦良玉道：“邵公移我自遁去，所驻重庆仅三四十里，而遣张全守黄泥洼，殊失地利，贼据归、巫万山之巅，俯瞰吾营，铁骑建瓴下，张令必破，今破及我，我败尚能救重庆急乎？且督师以蜀为壑，无智愚知之。邵公不以时争山夺险，令贼不敢即我，而坐以设防，此败道也。”
陆逊闻此论，不禁肃然起敬道：“夫人深知兵法，邵公不如也。他闻警畏敌，不敢主动出击，势必变被动也。可惜吾一罢官州牧，亦难说服他。那杨嗣昌名为督师，又把精锐撤往楚地，致使川中关隘失守。杨督师与邵巡抚相互不合，蜀中形势危在旦夕也。”
不数月，张献忠果然占得地利，连破官军于观音崖、三黄岭，大军从上马渡过河。秦良玉偕张全急忙拦阻，无奈寡不敌众，一场激战，所部三万余人战败溃散。秦良玉飞马来到巡抚邵捷春处告急道：“邵公，今事急矣，贼已逼近重庆，请尽发吾溪峒卒，可得二万，我自禀其饩之，官犹足办贼。”邵捷春摇头道：“大势已去，只有坚守勿出。”竟谢其计不用。张献忠部遂攻陷了剑州、内江、泸州等地。其后不久，邵捷春被朝廷逮问处死罪。杨嗣昌在襄阳失守后亦饮药自杀。
崇祯16年（1644年），张献忠部尽陷楚地，复谋攻占蜀地。秦良玉图全蜀形势，上书给巡抚陈士奇，请其派兵守十三隘口，陈士奇未能用其计。秦良玉又上书巡按刘之勃，刘觉其计虽好，但无兵可派遣，致使张献忠大军长驱直抵夔门。秦良玉率部驰援，终因寡不敌众而败溃。不久蜀地尽陷。秦良玉这时召集其部将，慷慨语众曰：“吾兄弟皆死王事，吾以一孱妇蒙国恩三十余年，今不幸至此，岂敢以余年事逆贼哉。”说罢，乃决定分兵守四境要隘，对手下将领曰：“有从贼者，族无赦。”其部将都听其约束，各把守关隘，形成了石柱的一统割据局面。张献忠虽占全川，又铸金印，遍招土司，却无一处响应，敢侵犯石柱，川中来石柱避乱者摩踵相接。又过不久，李自成率军攻陷北京，明崇祯帝在景山自缢，消息传来，秦良玉乃知明朝气数已绝，虽悲恸一时，却已无可奈何。其子马祥麟接着又患病逝去，秦良玉自此更加抑郁不已。至戍子年，秦良玉病卧不起，临死时，她将孙子马万年、马万春等招至榻前吩咐曰：“我死贼来，若曹不能拒，城东万寿山上平下险，我近积火药粮草于其上，汝率兵民往避之犹可活，此地生灵也。至董戒士卒务在法律严明，守御慎密，贵在和协众志。”言毕，溘然而逝。其寿七十有五。孙子马万年、马万春等将其葬在城东十五里地之回龙山，其墓碑上镌明忠贞侯太子太保，官爵在都督总兵之上。
秦良玉死后，马万年当了石柱土司，在十年时间里，仍安居独统一方。后来世局再乱，马万年遵其祖母秦夫人的嘱咐，率万余人避居万寿山。不久，朱容藩占据石柱，围攻万寿山月余未克，时涪州李占春提兵来援，乃将朱容藩追至郧阳诛灭。清顺治十六年，石柱土司向清朝廷投诚。继而遭吴三桂之变。石柱附近流寇土豪四起，马万年率部仍屯守万寿山，并多次击溃进犯来敌，直到清兵入川占领全境，石柱地方仍被朝廷封为宣慰使司，马万年始得回署修理残局。石柱马氏入清朝后又承袭了数代土司，到乾隆二十六年才改设流官。在马氏土司前后十七代的历史中，秦良玉可算是最为出色的一代土司掌门人。她的传奇经历，经权威的二十五史之《明史》记载后，已经熠熠生辉并将永远流传不朽。