卫立煌和蒋介石之间，素有芥蒂。
卫立煌从到东北第一天起，就和蒋介石有矛盾。
卫立煌坐镇沈阳，主政东北，首先是抓兵权。他积极网罗旧属，收揽人心，补充兵员装备，加紧整训部队。
卫立煌保荐和他关系最深、思想最接近的老部下原十四军军长陈铁担任“东北剿总”副总司令，又保荐原十四军的老部属彭杰如担任“东北剿总”副参谋长兼第一兵团副司令，想让陈、彭各拉一个兵团；还把夫人韩权华的侄女婿汪德昭从法国找回来任他的副秘书长兼办公厅主任。
陈铁问卫立煌：“今天东北的形势像下围棋，长春已经是一片死棋，锦州有葫芦岛这个眼，但不可靠；沈阳是主力所在，为什么不在营口做个眼呢？”
卫立煌说：“等到沈阳周围的据点都搞光了就好办了。”又说：“现在最苦的就是没有自己可靠的军队，本来以为张学良的旧部周福成和南京来的那些人有些不同，把他调进沈阳，周福成现在已经被陈诚拉去了。你看能不能把十四军调来？”
陈铁说：“十四军已离开我几年了，自从改为整编师以后，早就被陈诚、胡宗南瓜分了。”
卫立煌说：“你赶快去找两个人来当军长，由你另外新成立一个兵团，事情就好办了。现在我连剿总里的警卫团都控制不了，动一动都有危险。”
卫立煌认为与已有旧关系的，来者不拒，都予以安插，并极力拉扰一些曾有过旧关系的现职将领，如保举沈向奎为新八军军长，对第四十九军军长郑庭笈另眼相看，予以各方面的便利。卫与各将领谈话，总离不了这一句：“大家都是老朋友，我们共同努力！”<kbd></kbd>
卫立煌对陈、彭说：“我不愿当一个光杆司令，必须把各军各师直接抓起来，不然将不用命，各怀异志，事情就难办了。希望你们二位代我多在这方面下点功夫！”“我在东北，只要有了实力，一切都有办法。真到万不得已时，我们难道不是一样的可以打游击？何况我们打游击比共军在江西时的条件要好到千万倍呢！”
卫立煌注意团结地方耆老，希望得到东北地方势力的支持。卫立煌把张作相、万福麟、马占山、苏炳文、邹作华等人尊为上宾，经常宴请，征询他们的意见。还让汪德昭出席马占山全羊席招待会。实际上这些上层人物没有群众基础，也起不了什么作用。
卫立煌处理各方面人事关系，一变陈诚排除异己的作风和刚愎自用、目中无人的骄横态度，注意利用。杜聿明和陈诚在东北的原班底，他都一律留用。如对参谋长赵家骧，一直寄以很大信任，使其乐于为其效命。
卫立煌很注意和各个重要将领的联络工作。让汪德昭凭着留法同学的关系，去联系廖耀湘。廖耀湘是黄埔军校六期毕业的，还到法国著名的圣西尔军官学校镀过金，学过一些使用新式武器的战略战术，经过远征军和接收东北作战，声名大振，成为在沈阳的一个实权派人物。东北国民党军队中最精锐的兵力抓在廖耀湘手中，装甲车在廖耀湘控制下，有举足轻重之势。汪德昭奉卫立煌之命去联络，白费了不少力气。廖耀湘对蒋介石非常忠心，不但在大庭广众之间闻说“委员长”或“总统”就立正，就是两个人在一起随便闲谈，一听到“委员长”或“总统”，也从沙发中猛然肃然起立，皮鞋跟咔嚓碰在一起，来一个立正。汪德昭看见这样死心塌地紧跟蒋介石的人是无法联络的，于是作罢。
廖耀湘却接近陈铁，一来陈铁是黄埔同学老前辈，二来陈铁是卫总司令最接近的副总司令，自己的上司。廖耀湘常常请陈铁吃饭，当然有自己的目的。
廖耀湘说：“我虽然指挥不少军队，但是自己的基本队伍第九兵团，只有两个军。至少要有三个军才好指挥。你向卫总司令说说，再给我一个军怎样？”
陈铁把廖耀湘的话报告卫立煌，卫不答应。
陈铁说：“将来和廖耀湘共事的地方很多，如果你不给他一点好处，将来许多事情不好办。‘将欲取之，必先与之’这句古话你忘记了吗？”
卫立煌平时相信陈铁，只好打报告到南京，给廖耀湘兵团增加一个军。蒋介石当然立刻批准。
东北国民党军由于连吃败仗，各部队战斗及非战斗减员很多，对实力影响很大。卫立煌指示各部队就近在驻地附近设法补充齐全。驻沈阳及锦州部队曾在当地抓捕大批青壮年当兵。
卫立煌特别重视各部队的训练。卫立煌经常对左右讲：“共军每次战斗，射击准确，给我军造成很大的伤亡。听说他们很注重射击教育及手榴弹投掷。我们老一套的训练方法不改，就不能适应实战的需要。”卫立煌带兵多年，有实战经验，着重在战斗演习和射击教育方面的训练，规定各军师间互相观摩、取长补短，还不断亲自到各军视察，参观各种实战演习，主持沈阳各军师射击比赛。
卫立煌到沈阳后，即令工兵指挥官李贤负责构筑和加固沈阳、锦州等地城防工事，一律建成现代化钢筋水泥的工事，并规定阵地外围要挖2米宽、2米深的外壕，加设铁丝网。但由于缺乏钢筋、钢板、水泥等材料，加之从卫立煌以下，所有人都要从中捞一把。所以，工程进展很慢，而且按原计划打了很大的折扣，只是在要点构筑了一些独立的水泥碉堡。卫立煌视察时却感到很满意。对部下说：“在江西和共军作战的时候，哪里有这样坚固的水泥工事呢？那时都能打胜仗，现在有这样好的工事，更没有问题了。”
粮食对卫立煌固守沈阳是一个生命攸关的问题。东北国民党军补给困难，全靠空运。蒋介石指示：“各部队主食应尽量就地征购，并极力扩大占领区，抢购粮食，以减轻空运的负担。”当时沈阳附近各县遭到严重的虫灾，收成不好。重价购粮，毫无效果。卫决定各部队自行征购，并规定十分之二的提奖办法。实则灾年粮食欠收，民食尚感困难。各部队向民间强迫收购，后来发展到抢夺，不顾人民死活，造成鸡犬不宁，人民大批向外逃难。卫立煌不得不向关内乞援。由于局势紧张，每天几架运输机担任庞大部队的补给，杯水车薪，还要兼顾长春方面给养的转运。
卫立煌认为，“沈阳非长期固守不可！美国人是坚决反苏反共的，沈阳系东北重镇，有战略价值，决不会坐视不理。现在东北问题，苏、美等国利益之所在，势在必争。第三次世界大战大有一触即发之势。只要我们保存实力，占据地盘，事情即有可为。”卫立煌认为可以长期固守沈阳的理由是：
第一，各部队将领一致赞同卫的主张，均认为沈阳系东北战略要地，大家有固守的决心。
第二，国民党军有足够的守备力量，可以凭借坚固工事，采取纵深配备，以逸待劳，稳扎稳打，有把握守住沈阳。
第三，共军前来攻坚，死伤必大，容易挫伤士气。孙子兵法云，“攻坚则瑕者坚”。四平街围攻战，共军吃过大亏，即其一例。
卫很有感慨地说：“陈辞修在东北的失败，系指挥失策，却把责任推到各将领不服从命令上，这样固然不对，但是，军心团结，将士用命，我们指挥官应该特别注意！”
卫立煌坚持固守沈阳，可是蒋介石一直主张，沈阳主力出辽西向锦州撤退。卫立煌坚决反对。卫愤愤不平地说：“委员长要我们放弃沈阳，是有他的目的的。首先他从接收东北之时起，曾把所有的精锐部队都调到了东北，现在弄成这个局势，他为了巩固自己的地位，保存半壁江山，又企图逐步把部队从东北抽走，才放弃东北，以保卫南京；其次，委员长曾透露过，他已经同美国顾问团商量好，只要保全锦州，美国就可以大量援助，一切就有办法；第三，委员长的一贯作风就是诿过于人，他顾虑到国际影响和国内政治压力，更为顾全他个人的尊严，总是希望别人代他背过。”卫立煌也有自己的顾虑，说：“主力一撤，长春、沈阳都会一齐陷落，我个人的声誉影响事小，丢失东北的责任哪个来负呢？”
卫立煌接受陈诚失败的教训，“要以不变应万变”，不轻举妄动，以免上共军的圈套；他对共军的力量有较高的估计，不像蒋介石那样单纯从主观愿望出发，估计过低。在与解放军作战上，卫立煌采取一种稳重态度，不管解放军打到什么地方，如解放新立屯、盘山、辽阳、法库、鞍山等城市，守军部队长如何告急，蒋介石再三电令他派兵解各地守军的围，他总是把主力集中在沈阳附近不动。并说：“共军的目的和战术是围城打援，我们不能上共军的圈套”，“沈阳只有一套本钱，合则能守能攻，分则攻守两不成。”
蒋介石关心的是在东北的几十万美式装备的国民党军队，这是他的一笔重要本钱，必须保住。他一再严令卫留第五十三军及第二○七师守沈阳，将主力从沈阳撤至锦州。为此，急派国防部第三厅厅长罗泽阉及副厅长李树正去东北与卫协商。
卫立煌说：“这样不行。我们都知道共产党惯用的方法，总是‘围城打援’，我们已经上当多次了。如果我们的主力由沈阳远出锦州，正好循着共军辽北、辽西根据地的边沿，共军已占领锦州、沈阳间要隘沟帮子，他们早已埋伏好了，何况我们要经过三条大河——辽河、大凌河和绕阳河，现在河水已经解冻泛浆，我们的大部队又带重武器和很多辎重，无法通过，有被节节截断、分别包围、各个击破的危险。我方在沈阳的部队残缺不全，非经过相当时期的整补不能用，因此我们只有坚守沈阳，等待部队整补完毕才能找个合适的机会打通沈锦路。”
卫立煌派郑洞国同罗、李等人一同飞牯岭，向蒋介石申述意见。但蒋介石不同意卫的主张，仍令郑洞国回沈要卫立煌打通沈锦钱，将主力撤至锦州，必要时可放弃吉林、长春。蒋介石说：革命军北伐时有革命精神，以少胜众，北伐成功。樊钟秀以万余人能从广东一直打到河南。我们黄埔军队为什么不能打到锦州？”郑洞国返沈后，卫立煌即召集各将领开会，大家一致赞成卫的计划，主张不实行蒋介石的计划。其中以廖耀湘、赵家骧、罗又伦等主张最力。于是卫再派赵家骧、罗又伦赴南京见蒋，陈述利害得失。蒋介石允诺东北保持现状。
蒋介石从他的主观愿望出发，始终没有放弃将沈阳主力撤至锦州的想法。他召见卫立煌拟亲自说服卫将沈阳主力撤至锦州。卫于3月31日中午过北平，在机场与傅作义长谈后，由北平飞南京，当晚向蒋介石汇报东北情况。蒋介石向卫说，沈阳、长春交通断绝，单凭空运补给无法维持。蒋一再要卫将沈阳主力撤至锦州，在沈阳、长春留少数部队防守。卫以部队残破未加整训完成，不可能打到锦州，反而有被消灭的危险为由，陈词婉拒。
蒋唉声叹气地说：“我们运输机及汽油都无法维持东北这样庞大部队的补给，情势所迫，不得不将东北主力撤到锦州。”
卫从未看到过蒋有这样的窘态，于是对蒋说：“只要不将主力撤出沈阳，东北部队补给由我负责，请美顾问团帮助运输。”
蒋介石说：“好！好！只要你对于部队补给有办法，也可以照你的意见暂时不撤往锦州。但是一俟补充整训完成，仍要赶快打通沈锦线。”
卫立煌应允了。卫对随行的补给司令刘耀汉说：“我把东北的补给包下来了，明天请你到美军顾问团，请他们帮忙运输……。”第二天卫立煌拜会美军顾问团团长巴大维，巴大维原则上同意尽量协助。卫再见蒋介石，蒋答应照卫的计划先巩固长春、沈阳、锦州三大战略要点，待部队整训完毕，再打通沈锦线。
5月11日，美顾问团团长巴大维亲率美顾问及译员共9人赴沈视察，并会见卫立煌。除了巴、卫间秘密交涉外，公开宣布顾问团这次来沈阳的主要目的是：
(一)视察飞机场的设备及容机量；
(二)找仓库，准备运输十个师的美式装备，预定在1949年3月、4月间运到；
(三)视察新编第一军、新编第三军、新编第六军及第二○七师等美械装备部队，准备将超龄的轻重武器加以更换。
视察后卫立煌对郑庭笈说：“十个师的装备来到就有办法了”。蒋介石这时见东北各将领上自总司令卫立煌，下至兵团司令官、防守司令、军长，都不同意他的方案，于是决定将范汉杰的冀热辽边区司令部由秦皇岛移到锦州。蒋要范准备打通沈锦线，并由山东抽调第九军黄淑部及第五十四军阙汉骞部两个军由葫芦岛登陆归范指挥。
6月初，蒋介石要范汉杰加紧准备打通沈锦线。这时卫立煌主张巩固沈阳、锦西、葫芦岛防务。对此，蒋、卫间有几度争执，7月卫立煌奉召到南京见蒋时解决这一问题，蒋介石同意将冀热辽边区司令部改为东北“剿总”锦州指挥所，仍由范以东北“剿总”副总司令兼锦州指挥所主任坐镇锦州。卫立煌主张指挥所设葫芦岛，蒋主张必须设在锦州，以后卫要范移驻葫芦岛，范也是听蒋的指示，不理卫的意见。据范汉杰说，南京国防部熟悉内幕的人说，蒋介石原拟要廖耀湘将沈阳主力带到锦州，即将东北国民党军全权给廖，以后见廖受卫立煌的牵制，不能执行蒋的命令，又拟以范汉杰打通沈锦线，撤出东北主力，将权力交给范。
蒋介石指挥作战，不分析敌我态势、兵力对比及士气战斗力等客观条件，只是从他的主观愿望出发，只要将领听他的命令。蒋介石为了把东北主力撤到锦州，用尽心机在东北物色能执行他命令的将领。初则属意于廖耀湘，后又属意于范汉杰，而把卫立煌悬在一边。弄得在东北的国民党将领中，各有所私，各怀鬼胎，各据一部分实力，个个要直接听蒋介石的命令，谁也无法统一指挥。而蒋、卫矛盾的焦点仍然是打通沈锦线将主力撤到锦州的问题。
卫立煌与蒋介石之间的矛盾，到了后来演变成为不论什么事，蒋介石要这么办，卫立煌偏偏要那么办，样样都闹拧。除了对东北作战主张的分歧，如美国人希望国民党守在东北以免俄国势力扩张，在1948年，表示愿意再增加空运东北十个师的装备和补给。卫立煌经过远征军和访问美国和美国人关系很好，向美国顾问团长巴大维请求，把这些物资直接运到东北，不经过南京。
巴大维久已讨厌南京政府的后勤部门，因为运来什么东西都被他们贪污盗卖或移作他用。他特地到东北做过—些调查，看了机场仓库等情形之后，决定直接用船运东北营口。这事被蒋介石闻悉之后，十分震怒。美、卫直接挂钩，把他撒开，那还了得？那不但会使东北演变成一个独立的小国。更会损害他总统统一的权力。他横加干涉，争争吵吵，美国人对东北运送器械军火一事终于没有办成功。