2001年，楚树龙从中国现代国际关系研究所调入清华大学公共管理学院，创立了战略研究所，并担任所长。战略研究所主要研究国家战略、发展战略、外交战略、安全战略；研究范围是美国、中国、欧洲和亚洲。

    楚树龙担任战略研究所所长后，召开过两次重大战略研讨会。2001年10月召开的21世纪国家战略研讨会，邀请了外办及外交部有关人员，讨论各国外交、世界形势的走向，出版了论文集《世界、美国和中国——新世纪国际关系与国际战略探讨》；2003年3月又在海南三亚主持首届“tO和两岸关系”论坛，邀请台湾专家研究两岸关系今后的走向。

    “tO和两岸关系”论坛定期在两岸举行。楚树龙与台湾学界的关系比较密切，曾多次去台湾访问，接触到岛内各阶层人士，研究各种信息，探寻两岸走向统一的途径。

    在楚树龙看来，无论是李登辉还是陈水扁，坚持推行“台独”立场是十分危险的，也是不可能的。

    他还记得多年前在美国与台湾萧美琴交锋的情景。

    20世纪90年代中期，楚树龙去纽约出席一个有关台湾问题的非官方会议。这个会议由美国外交全国委员会主办，出席者有大陆、台湾和美国学者。台湾陈水扁的顾问，民进党“国际部”主任萧美琴也出席了会议。萧美琴在会议上大放厥词。她说：两岸关系就像男女恋爱，大陆是个大小伙子台湾是个小姑娘，现在小姑娘不爱你这个大小伙子。你这小伙非要人家爱你。楚树龙听后气愤地说：你说这话太不符合事实了，两岸之间不是在谈恋爱，根据历史，根据国际法，两岸本来是一家，是一个国家。现在不是嫁不嫁的问题，是你要离婚，你要分裂，是你不要这个家！因此你的比喻是完全错误的。萧美琴被驳得哑口无言。

    2001年，楚树龙在其专著《冷战后中美关系的走向》一书中论述台湾问题时说：中国政府和人民在台湾、香港、西藏等涉及国家主权和领土完整及国家统一的根本原则问题上的立场是坚定的，不可动摇的，也是神圣不可侵犯的。原因很简单，尽管开篇道出中国人的历史观是“分久必合、合久必分”，但无可争辩的是：在中国五千多年的历史中，中国人民、中华民族始终认为尽管“分”和“合”都是历史的部分，但“分”是暂时的，不正常的，是错误的；“合”才是永久的，正常的。

    楚树龙看到，历史上闹独立成功的只有两种情况，一是战争，一是协商，而陈水扁现在既没本钱打也不愿接受“一国两制”，这不得不使得两岸关系陷入僵局。

    如何打破两岸僵局，实现祖国统一，历史上也曾有过很多的设想。从80年代中期起，就有人提出有关中国的“联邦制”和“邦联制”设想。例如：姜敬宽1984年提出的“联邦共和制”，陆铿1985年提出的“中华联邦”，朱高正1988年提出的“联邦制”等九种“联邦制”；张旭成1983年提出的“邦联制”，张系国1981年提出的“中华邦联”，马彬1982年提出的“中华邦联”，费希平1984年提出的“大中国邦联”等十二种“邦联制”等等。

    楚树龙认为，“邦联”是由独立国家自主决定，经过谈判、签署条约而成立的邦联。“邦联制”是复合国家体制，说白了就是李登辉的“特殊国与国关系”，这是中国人民绝对不能接受的。

    如何突破两岸的僵局，楚树龙希望能从经济入手，构建中国统一大战略，以期两岸在社会、经济、文化等方面形成长期的融合，形成彼此密不可分的情形，最后达到统一。“tO与两岸关系”论坛便是一个契机。

    2003年9月，楚树龙应邀去台湾出席第二届“tO与两岸关系”论坛会议。这次的议题还是从经济入手，寻找两岸的共同点，以促进两岸关系的实质性改善。楚树龙临行前对笔者说，我想总会在两岸之间找到共同点的，中华民族的大统一是历史的必然，我有信心。