2003年3月6日上午，国务院机构改革方案提请十届全国人大一次会议审议，启动了改革开放以来的第五次大规模的机构改革。在这天的会议上，国务委员兼国务院秘书长王忠禹向人代会提交《关于国务院机构改革方案的说明》，这个方案在3月10日第三次全体会议表决获得通过。

    张卓元就是这个方案的主起草人。

    从1982年到1998年，中国政府机构改革共进行了4次。1981年时，国务院的工作部门有100个，达到建国以来的最高峰。1982年3月8日，五届全国人大常委会第二十二次会议通过了关于国务院机构改革问题的决议，国务院各部门从100个减为61个，人员编制从原来的5.1万人减为3万人。1988年4月9日，七届全国人大一次会议通过了国务院机构改革方案。改革的重点是那些与经济体制改革关系密切的经济管理部门。此次改革使政府的经济管理部门从直接管理为主转变为间接管理为主，强化了宏观管理职能，淡化了微观管理职能。通过改革，国务院部委由原有的45个减为41个，直属机构从22个减为19个，非常设机构从75个减到44个。机构改革后的国务院人员编制比原来减少了9700多人。1993年3月22日，第八届全国人大一次会议审议通过了关于国务院机构改革方案的决定。方案实施后，国务院组成部门、直属机构从原有的86个减少到共59个，人员减少20％。当年4月，国务院决定将国务院的直属机构由19个调整为13个，办事机构由9个调整为5个。国务院不再设置部委归口管理的国家局，但设置了国务院台湾事务办公室与国务院新闻办公室。1998年3月10日，九届全国人大一次会议审议通过了关于国务院机构改革方案的决定。根据改革方案，国务院不再保留的有15个部、委，新组建的有4个部、委，更名的有3个部、委。改革后除国务院办公厅外，国务院组成部门由原有的40个减少到29个。

    但是，随着经济和社会的发展、改革的深化，包括加入tO后中国已有的机构改革与现行的有些体制仍有不适应新形势的地方，需要完善。这次机构改革方案涉及国有资产、宏观调控、金融监管、流通体制、食品安全、人口发展等重要部门的调整。

    张卓元在解读此次机构改革方案时说，1998年的国务院机构改革以精简为主，这次机构改革方案则以调整政府职能为主。主要内容不单是撤销、精简，而是把部分行政部门的职能进行调整，把有些交叉、重复的职能加以整合。他举例说，随着经济发展，人们越来越关心食品、药品等消费品安全问题和生产安全，这需要有个部门专门管理，所以机构改革方案中提出了组建国家食品药品监督管理局。现在，银行的监管越来越受到重视，为保证银行业运行的安全、高效，这就需要成立银监会。这些机构的出现，都是随着经济、社会发展所提出的新要求而产生的。另外，国家经贸委主管技术改造，而国家计委主管基础设施建设。国家的投资建设实际上由两个部门管理，造成多头管理，降低了政府效率，也容易形成重复建设。再有，国家计委是很重要的宏观调控部门，负责国家的长远规划，而属于短期宏观调控的经济运行调控又由经贸委主管。这实际上使长期、短期的宏观调控分散到不同的政府部门。在进出口方面，农产品归计委主管，工业品和原材料归经贸委主管，其他一些又由外经贸部管，这样对于整个对外贸易发展是不利的，是一种没有必要的分权。他认为，此次改革没有上一次动作那么大，但对政府转变职能有很大促进作用。

    有人会担心，新的机构改革可能会导致权力过分集中。张卓元认为，改革报告中明确指出，政府要加强自身建设，尽量减少审批，减少对微观事务的干预，改进自己的工作方法，让市场机制更好地发挥经济调节作用。政府部门还要规范、透明，不能搞暗箱操作。政府机构改革的目的就是要建立“透明政府、责任政府、法治政府、诚信政府”。

    很多专家认为，这次政府机构改革，将使中国的经济功能得到进一步释放，将有利于中国综合国力的提升。著名经济学家张维迎甚至算过一笔账：如果把大部分管制取消，中国国民生产总值总量可跃升30%。

    但是，张卓元也看到，随着改革推进，这次改革本身还有很多问题需要探索，比如国资委怎么监管国有企业，怎么做到管市场、管人、管事的结合？银监会的成立对银行业加强监管，但中国人民银行还有别的监管职能，这两家怎么协调好，保证银行业的安全、稳健运行，这些方面恐怕都还需要不断地协调。

    对于这些问题，张卓元又开始了新的思考。