温铁军祖籍河北昌黎，1951年在北京出生，17岁到山西插队，1979考入中国人民大学新闻系，1985年毕业后分配到中央军委总政治部，两年后才转入农业问题研究，在这之前，连他自己都没有料到会与“三农”问题打上一辈子的交道，他也没有料到自己的学术研究会在各个阶层掀起阵阵旋风。
温铁军的学术立场是特立独行的，他不照本宣科，也不为世俗潮流所动，重在调查研究和实践。著名学者汪丁丁称他有“‘老三届’的谈吐风格”：“实事求是”的风格，“不惟书、不惟上”的风格和“以天下为己任”的问题意识。而温铁军自称是知识分子阶层的“叛逆”。
他曾毫不留情地批评“都市政策”：“我们的主张不是简单地提口号，强调‘城市化’，而是‘以综合改革推进农村城镇化’。因为，按照目前的城市旧体制搞城市化是走不下去的。20世纪90年代以来兴起的城市化基本建设是盲目性很大的‘造城运动’。无论大中小城市还是城镇，问题都类似：机构庞大，大量占农民的地，却排斥农民就业。”1999年1月国务院3号文件正式取缔农村合作基金会的政策，温铁军再度上书直言，表达自己对农村合作基金会的理解。
尽管现在我们有幸看到，温铁军当年提出的“三农”问题得到广泛共识，但他当时的大胆质疑，并没有意识到是对农业经济科学已经形成的理论体系的挑战。后来他坚持把约定俗成的“农业、农村、农民”的“三农”调了一个个儿，把农民问题放在“三农”之首，也表明了他一贯严谨的研究作风。他说：我斗胆断言，中国的农民问题依然是中国的基本问题，而且我不想说是“基本问题之一”，其他的问题都是派生的或非战略性的。
应该说1996年是温铁军对“三农”问题的核心理论作全面而深刻阐述的最重要的一年。这年秋季，温铁军在《战略与管理》上公开发表了《制约三农问题的两个基本矛盾》一文，综合以往政策实验的研究成果，提出人地关系高度紧张的基本国情矛盾以及城乡二元结构的基本体制矛盾。同年他的《粮食有问题，但不是粮食问题》在1996年也引起广泛讨论。
1995年秋粮上市之前，温铁军对中部粮食主产区进行调查，认为用价格政策过度刺激粮食生产，会导致1995～1996粮食年度出现过剩。在一次全国政协召开的座谈会上，温铁军把粮食可能出现过剩的问题提了出来，但当时并没有引起足够的重视，有很多人甚至并不相信温铁军的推论。为了更全面地阐述自己的观点和主张，温铁军写下了《粮食有问题，但不是粮食问题》，大胆分析“丰收的代价”，从粮食周期谈起，分析粮食问题与财政、金融、外贸等宏观政策的相关性。
这篇文章与他以前的《汝果欲支农，功夫在农外》的思路基本一致。由于1996年粮价继续提高，继续刺激粮食高产，因此，当年粮食产量提前实现了2000年粮食产量的目标。但由于人口没有随着粮食产量增长上去，也就是说消费并未增长上去，必然出现过剩。正是基于此，《粮食有问题，但不是粮食的问题》一文发表后，被许多报刊转载，人们开始觉得这种提法有意思了。而此后由于粮食出现积压，果然出现了1984年粮食大规模增产后出现的卖粮难问题。这时，农业问题的矛盾又开始凸显出来，继而引起广泛讨论。
2001年，温铁军在当年第10期的《读书》杂志上发表了一篇文章叫《市场失灵加政府失灵——三农问题的双重困境》，提出市场手段不适合中国9亿农民的观点，没想惹来麻烦。他被人扣上“反市场”的帽子。
温铁军在论述“三农”问题的双重困境时提出这样一个假设：无论计划还是市场，当这些外来制度面对高度分散而且剩余太少的传统小农经济时，都有交易费用过高的问题；因此才需要有中国特色的制度创新。由此引申出的另一个相关假设则是：无论集权还是民主，当这些政治制度面对高度分散的小农村社制的社会基础时，也都由于交易费用过高而难以有效治理；因此才需要重建以社区自治为主的农村管理体制。也许，正是这两个问题没有被正确认识，也没有来得及讨论解决的办法，中国的“三农”问题才面临“市场失灵加政府失灵”的双重困境。
温铁军看到，在大多数发展中国家的农村，第一要素是土地，而在我国农村，土地事实上不断减少，并且随人口增长，就产生了两个现实问题：一个是土地面积减少使土地价格越来越高，相应地私有化的制度成本也越高，再加上土地的不可移动性，就导致土地产权客观上以社区为边界；二是农村自发大包干，政府“退出”，不再承担农民的社会保障和农村公共开支，转由耕地来承担；并且随人均面积不断下降，必然使耕地越来越多地转变为以承担农民的生存保障这种职能为主。在以上两个限制性条件的约束下，形成了有中国特色的村社所有、家庭承包制度，这个制度不断修订和完善，最后成为“中国农村基本经济制度”，由此决定了农村土地既不能实现完全个人意义上的私有化，也不能被单纯地当作一种生产资料完全地交给市场这只看不见的手来调节。
中国农村的第二个要素是劳动力。农业人口和农村劳动力严重过剩，由于城乡二元体制的约束，农村剩余人口和劳动力不可能大规模转移，又进一步使得城乡差别不断扩大。农村劳动力转移得不顺畅，甚至回流农业，再加上土地不断减少，因此农业劳动力投入的边际效用只能递减到零以下。在这样的情况下，作为第三要素的资金当然就进入不了农业领域。这样，在中国农村，最基本的“三要素”现在还没有条件被市场这只看不见的手自发调节。
温铁军要问的是：假如农业这个国民经济的基础产业跟不上，人们憧憬的市场经济体制以及建立其上的高成本的管理制度在农村中如何体现？人们约定俗成的市场话语在农民群体边缘化、农村经济凋敝和农业难以可持续发展的语境中，已经变得很尴尬。而我们现在强调的这些似是而非的政策讨论，又有多少在这样的“三农”问题上是不尴尬的？
温铁军切身体会到政府对“三农”问题的重视，但是，由于政府所属的涉农部门在农业收益不断下降的情况下，因自身的部门体制局限而不可能自觉地认识到问题的实质，于是，只能像抓住救命稻草那样不断强化垄断体制。在温铁军看来，由于这些部门同样难以解决与9亿农民之间交易成本过高的问题，因此也难免在使农民现金收入下降导致的生产投资能力不断下降的互动中，最终演化出与其意图相反的结果。就这样，潜移默化地，恰恰就是现行部门垄断体制本身，导致了政府提出的各项支农政策失灵。政府现在的“农业重中之重”“加强农业投入”“加强农业基本建设”口号都失灵了。
温铁军的观点引起了学界的争议，一些人针对他提出的“市场无效论”的观点进行了反驳。一时间学界沸沸扬扬。
有学人认为，温铁军的判断是基于新古典经济学的误导。新古典经济学简单地把市场的作用等同于资源配置，进而简约地化为消费者追求效用最大化、企业追求利润最大化，最后能够实现帕累托效率的结果，其实市场的作用被新古典经济学简化，甚至是歪曲了。在20世纪30年代关于计划经济的大论战中，哈耶克争辩认为，市场机制不只是价格机制，更多的是一种信息机制。价格机制的作用被过分夸大了，价格机制传递资源稀缺性的作用是有限的，我们不能从价格机制是否在农业领域发挥作用而去判断市场是否失灵。另外这位评论者还对温铁军“农业不能产业化”的观点加以质疑。他认为温铁军是停留在静态的观察上看问题，才产生农业生产的低效率会阻碍农业产业化的观点，如果动态地看问题，可能会得到相反的结论。评论者进一步指出，农民生产的低效率不等于农业的低效率。
一位署名秋风的论者在《农民还得作牺牲？》一文中指出，温铁军的观点对于农民来说“太不公平”。因为按照他的思路，土地承担着农民的社会保障功能，而中国的现状是农业人口严重过剩，但又不能都转移到非农产业，只能留在农村，而一旦把土地分配给农民，如果他们失去土地，他们就失去了最后的一点保障，于是他们就可能成为社会的不稳定因素。这显然“不是一个经济学的结论，而是站在政治家的高度，来谈论国家和整个社会的稳定问题的”。
秋风称温铁军把九亿农民当成一个整体，“可以像一个工程师一样按自己事先设计好的蓝图把他们捆绑在贫瘠的土地上”；而在秋风看来，“不存在作为一个整体的农民”，每一个农民有选择的自由；他有权利迁徙到他喜欢的城市，他有权利离开生活了几十代的土地……“这种权利是任何人不能以任何借口来剥夺的”。
秋风赞成用市场化的方案解决中国农民问题，他甚至认为温铁军解决中国农村问题的原则太过繁杂，其实问题“一点都不复杂”“只有通过构建农民的土地所有权、尊重每个农民的人身自由和经营权利，赋予每个农民一个现代国家公民的基本权利，惟有如此，一个社会才会成为最稳定的社会”。
不知为什么，温铁军对这样的批驳表现得很平静。他曾在一次采访中作过这样的表态：学术界这么多人批评我，我觉得是好事。一是说明大家都在关心，尽管有些批评情绪化了点，其实我有时候也情绪化。二来对我也是一种鼓舞，只要是老师的批评，我都诚心接受；年轻的同志的批评，我可能不大客气，也希望大家不要对我客气。有讨论总比没讨论好啊。比较活跃的讨论，就是思想进步的一个前提，现在就缺思想。
但他声明他不但不反市场，而且特别喜欢市场。他强调他提出“市场失灵和政府失灵”的问题，是希望人们能够反思以前约定俗成的看法，所有从国外引进的学问，在今天复杂的“三农”问题面前的确都需要重新思考。尤其是书斋里的学者更应“慎言三农”“不做实验，你怎么知道你那一套是对的？”
2003年春天，当SARS在中国肆虐的时候，温铁军却在日益升温的SARS讨论中出人意料地保持了沉默。直到《经济观察报》记者采访他时，他才发表了认为一些知识分子对问题的讨论不得要领的评价。
温铁军一开始便不相信SARS必然在农村产生可怕的蔓延，因为它首先是一种城市病；SARS的出现也绝非偶然，它是过度的发展主义的结果。在他看来，这与农村的公共卫生系统也没有直接的关系。他甚至有一个“不很学术的”观点：SARS会在夏季销声匿迹，然后在冬季重又出现。因为SARS和感冒、肺炎、呼吸道相关，呼吸道系统冬天容易受感染，而夏天连感冒都很少。
作为一种疫病，SARS从人口密集、工业污染严重的城市发生，是必然现象，它是现代化大城市人类食欲、贪欲集合的结果，因而他不认为这种死亡率程度的病对中国会有什么深度影响，也并不像一般知识分子那样，认为SARS会改变什么。
但他认为，在农村还有比SARS更值得我们关注的事，应该谨慎对待，农村重又出现的流行病（血吸虫病、肝炎）比眼前的SARS更为致命。“而今天媒体对于重建农村公共卫生系统的呼吁仍不着要点，你根本不能指望为9亿农民设计一套西方式的系统。”在他看来，现在面临的实际问题比这一切复杂得多，公共健康问题只是农村面临的诸多严峻挑战的一个侧面而已。
人们看到温铁军对人民公社时期的赤脚医生制度的怀念。他认为这个办法更符合中国的现实。在他看来，今天所谓的部门的制度，并不有利于建立覆盖全民的、特别是农村和贫困地区的公共卫生和防御体系。他的这种想法大多数知识分子并没有意识到，因而他又一次以一种“叛逆”者的形象出现。但他认为，今天所谓学界的争论，无论是新左派也好，自由主义也好，都是西方的理论。本土的理论在哪儿？列举那些解决本土问题无意义的东西有什么用呢？这次SARS可能又要出现同样的状况，但是今天的你我还要重复昨天的故事吗？