温铁军被称为中国典型的“政府经济学家”，在长期的“三农”问题的研究过程中，成果丰硕，多次被请进中南海与中央高层面对面研讨“三农”问题，他的学术成果更是成了中央决策层的重点参考资料。他现任农业部农村经济研究中心研究员、科研处长、学术委员会委员，另外还兼任国家信息中心高级经济顾问、中国经济信息网“中国经济50人论坛”成员、中国体改研究会特约研究员、中国改革研究基金会学术委员、国家科技评估中心“九五重大项目”评估专家、首都师大兼职教授、亚太社会调查研究所学术委员会主任、《中国改革》杂志社社长兼主编，是享受政府特殊津贴的专家。
林毅夫在1999年的一次研讨会上大声疾呼，要开展新乡村建设运动，并强调中国现在面临的矛盾既有资本过剩，又有劳动力过剩，双过剩会导致恶性循环。也就在这一年，温铁军撰文指出，20世纪中国的问题是农民问题，农民问题是土地问题；21世纪中国的问题是农民问题，农民问题是就业问题。
中国是一个农业大国，如何成功地解决“三农”问题直接关系到国家现代化的建设和社会的长治久安。但是一谈到人地关系的高度紧张这个基本国情矛盾，就遇到了一个死结。温铁军认为，这是我国农业不发展，农民贫困的根本原因。他预测在未来几十年里，即便我国城市化率达到50%，仍会有8亿多农村人口，人地矛盾仍得不到任何缓解。因此在耕地问题上，他认为应先保障公平，再兼顾效率。只有在大量的农民离开土地，耕地的主要功能不是基本福利保障，而是土地收益率的时候，才有条件尝试那些以效率为中心的耕地分配和经营制度，但这只可能在一个较长的时期之后才有条件，因为城乡分割的二元结构，将农民封锁在了有限的耕地上。
在温铁军看来，农民就业问题，就是农村过剩劳动力向城镇转移的问题，而这又与计划经济形成的城乡分割相联系。
温铁军细算了一笔账：2002年农村劳动就业人口是5亿人，但把在农村18岁以下、60岁以上能劳动的人算成半劳动力，农村有劳动能力的人口估计达到6亿人左右，根据劳动力与土地的正常配比，农业只需要1亿左右的劳动力，这就有5亿左右的劳动力需要转移到非农就业上去。从20世纪80年代乡镇企业异军突起，到1996年乡镇企业发展颠峰期大约解决了1.4亿农村人口的就业，但要考虑到乡镇企业的私有化趋势及两栖就业的实情两个因素，乡镇企业解决的农村就业估计在6000万左右，农村还有4.4亿左右的劳动力剩余。自1992年开始，农村劳动力大规模流动，目前估计接近1亿人，但这部分与乡镇企业的农村就业有重复之处，净就业人口估计在七八千万左右。这样总算下来，农村至少还有3.5亿的净过剩农村劳动力处于隐性失业状态。
他认为如此庞大的就业压力是客观存在，如不解决，国无宁日。他从司法部公布的数字看到，近10年出现的第5次犯罪高峰，其特点是高比例的农民流动人口犯罪，性质是社会性犯罪。农村流动人口问题都是与农村巨大的就业压力与农民生存危机相关。温铁军认为，如果将政策的重点放在加强公检法上，只是治标，不是治本。因此，解决就业应该是当前中国的第一国策。
有不少人提出解决“三农”问题应引进西方的方法，从私有化和技术革新等方面找出路。温铁军试了十几年，发现这样的想法在目前的中国农村行不通。在美国农业劳动人口人均土地占有面积是我国的800多倍，美国农场土地面积广大，地租绝对量大。而中国的土地连地租都产生不了，劳动力和资金的投入产出比因此就是负值。中国人均土地就是这么少，土地已经基本上转化为农民的社会保障，世界上有哪个国家把社会保障私有化？中国水资源又缺乏，不能以所谓的耕地私有化来形成规模经济，来提高生产能力，不可能依靠提高规模效益来参与国际竞争。至于靠技术创新提高农业效益，理论上可以，但任何一项技术都需要前期成本，这些前期成本谁来付？在目前分散的小农经济条件下，哪个单家农户能够成为这种技术和投入的载体？也有不少人提出走产业化之路，但现在农业主要投入品种，资金、化肥、农药、种子等，以及产出品的加工、购销领域基本上被垄断了，产业层次如何提高？把追求利益最大化的企业与负效益的农业结合起来也不现实。再说，搞产业化经营是要成本的，假如在不产生利润的农业领域从事生产经营，组织成本从何而来？
在温铁军看来，“三农”问题到了今天这一步，传统的、个别的曾经有效的办法已不足以解决今天的问题，非得有一些新办法和硬办法，非得有决心和勇气不可。这里涉及的不是抽象的经济问题，而是8亿多人的命运的问题。中国大地上，还有什么东西比8亿多人的命运更重要呢？
为缓解中国农业的两个基本矛盾，温铁军提出了解决问题的6条办法：一是免除农业税，因为土地主要是农民的生存保障资料，没有任何国家对社会保障征税，如果免税，同时配套基层管理体制改革，把乡政府改成乡公所，乡公所只是一个上情下达的机构；二是推进乡村自治，将乡政府改为乡公所，镇政府改为自治政府，各种自治体平等交换，直接对县，取消实行自下而上的农村公共品决策制度；三是将农村非耕地资源（林地、四荒地、水面和矿产）的权属和收益，尽可能分配到农民社区集体经济组织，作为农村公益事业的资金来源；四是国家直接垄断耕地转让的收益用于无地农民的社会保障和农村医疗保险；五是对农民开放涉农行业，在乡村自治体内部成立农民入股的农村合作金融组织；六是国家支农资金不通过农业行业管理部门直接投资给乡村级农民合作经济组织，占股份不占收益。
这6条建议很快引起农业部的高度重视，很快上报中央，作为新一轮农村改革措施的参考。